Về mặt hành chính, Indonesia gồm 34 tỉnh, trong đó năm tỉnh có quy chế đặc biệt. Mỗi tỉnh có cơ quan lập pháp và thống đốc riêng. Các tỉnh được chia tiếp thành các huyện (kabupaten) và các thành phố (kota), chúng lại được chia tiếp thành các quận (kecamatan), và các nhóm làng (hoặc desa hay kelurahan). Sau khi áp dụng các biện pháp vùng tự trị năm 2001, các huyện và các thành phố đã trở thành các đơn vị hành chính chủ chốt, chịu trách nhiệm cung cấp hầu hết dịch vụ nhà nước. Cấp hành chính làng là đơn vị có ảnh hưởng lớn nhất tới cuộc sống thường ngày của người dân, và giải quyết các vấn đề của làng hay khu vực lân cận thông qua một lurah hay kepala desa (trưởng làng) do dân bầu.

Các tỉnh Aceh, Jakarta, Yogyakarta, Papua, và Tây Papua có mức độ tự trị và ưu tiên hành pháp cao hơn từ chính quyền trung ương so với các tỉnh khác. Ví dụ, chính phủ Aceh, có quyền thiết lập một hệ thống luật pháp độc lập; năm 2003, tỉnh này đã cho ra đời một hình thức Sharia (Luật Hồi giáo).[85] Yogyakarta được trao vị thế Vùng Đặc biệt để ghi nhận vai trò nòng cốt của nó trong việc hỗ trợ những người Cộng hòa Indonesia thời Cách mạng Indonesia.[86] Papua, thường được gọi bằng Irian Jaya, đã được hưởng một quy chế tự chủ đặc biệt từ năm 2001.[87] Jakarta là vùng thủ đô đặc biệt của quốc gia.

Dấu † chỉ các tỉnh có quy chế đặc biệt